Hi Chris,
die Stellung der Zahnräder ist eigentlich völlig wurscht. Mit den farblichen Markierungen hat der Suzi-Monteur seine Arbeitsschritte `abjehaakt`, sie dienten ihm sozusagen als Kontrolle. Vielleicht besser sie mit den Markierungen zueinander zu montieren, vielleicht sind die Teile so aufeinander eingelaufen.
Falls Du eine Rutschkupplung verbaust: vergiß nicht die zwei kleinen U-Scheiben.
Der Rotor ist anders geformt? Es gibt zwei verschiedene Lichtmaschinen (wechselten bei 4Gang auf 5Gang?). Ob der Rotor kompatibel ist weiß ich nicht.
Wenn ich mich recht entsinne gibt es nur eine Möglichkeit den Rotor zu montieren (Keilstift im Kurbelwellenstumpf). Einstellen brauchst Du die Zündung nicht.

Viel Erfolg, Ratz