Hallo Chrtista,

Wenn Du nur den Motor getauscht hast, womöglich ein anderes Baujahr, mußt Du auch eventuell die CDI von diesem Baujahr haben, sonst läuft die Kiste nicht richtig. Hat nix mit Drossel zu tun.
Gruß
Rudi
siehe auch hier
http://www.ls650.eu/community/showthread.php?t=9763